V. J. Bubnys gimė 1932-ųjų rugsėjo 9 dieną Čiudiškiuose, Prienų valsčiuje. 1953-aisiais jis baigė Prienų vidurinę mokyklą, vėliau studijavo Vilniaus pedagoginio instituto Lituanistikos fakultete, kur įgijo lietuvių kalbos ir literatūros dėstytojo specialybę.

1957–1964 m. buvo Kauno 9-osios vakarinės pamaininės vidurinės mokyklos direktoriaus pavaduotojas. Nuo 1958 m. Lietuvos rašytojų sąjungos narys. 1965–1966 m. buvo žurnalo „Moksleivis“ redakcijos vedėjas, 1966–1974 m. vyriausias redaktorius. 1976–1981 m. ir 1991 m. ėjo Lietuvos rašytojų sąjungos valdybos pirmininko pavaduotojo pareigas. Nuo 1981 m. atsidėjo tik kūrybiniam darbui. Aktyviai dalyvavo tautiniame atgimime: 1988 m. buvo Sąjūdžio iniciatyvinės grupės narys, Sąjūdžio Seimo ir tarybos narys, 1992–1996 m. – Lietuvos Respublikos Seimo narys.

V. J. Bubnys savo kūrybą pradėjo skelbti 1953 m. Jis – vienas produktyviausių ir skaitomiausių prozininkų Lietuvoje, parašęs 44 prozos knygas, tarp jų – 19 romanų. Jo kūrinių išversta į daugiau nei 20 kalbų, keli kūriniai ekranizuoti.

Su jo apysaka paaugliams „Arberonas“ užaugo ne viena karta, o iš jos motyvais sukurto kino filmo (scenarijų rašė pats autorius) „Maža išpažintis” (1971 m., rež. A. Araminas) frazė „Benai, plaukiam į Nidą“ tapo legendinio muzikos festivalio pavadinimu ir daugeliui žiūrovų užsifiksavo atmintyje visam gyvenimui. Rašytojas parašė scenarijų ir pagal savo romaną „Nesėtų rugių žydėjimas“ (1978 m., rež. ir scenarijaus bendraautoris M. Giedrys).

V. J. Bubnys buvo apdovanotas ir daugybe kitų premijų, tarp jų: 1970 m. – Žemaitės literatūrine premija už apsakymų knygą „Gegužio nemiga“ 2003 m. – „Varpų“ literatūrine premija už apsakymą „Balsas sniegynuose“, 2005 m. – už romaną „Tas ryto laukimas“ – JAV lietuvių tautinės sąjungos 1-ąja premija ir Gabrielės Petkevičaitės-Bitės literatūrine premija, 2008 m. – Vyriausybės kultūros ir meno premija. 1998 m. rašytojui buvo įteiktas LDK Gedimino ordino Karininko kryžius, o 2002 m. – suteiktas Prienų garbės piliečio vardas.